《神农本草经》规定了药物的剂型
《神农本草经·序录》认为：“药性有宜丸者，宜散者，宜水煮者，宜酒渍者，宜膏煎者，亦有一物兼主者，亦有不可入汤、酒者，并随药性，不得违越。”此处一方面体现了在2000年前中药剂型已有的成就，另一方面也体现了药物剂型工艺以及对哪些药宜用哪种剂型的研究经验，如消石“炼之如膏”，术“作煎饵”，茺蔚子“可作浴汤”(外用洗剂)，葡萄“可作酒”，白芷“可作面脂”，牛角、(牛)“胆可丸药”，蝟皮“酒煮杀之”，露蜂房“火熬之良”，当归治“金创煮饮之”，雷丸“作膏摩，除小儿百病”，蛇蜕“火熬之良”，贝子“烧用之良”等等。此处既讲了药物炮制加工方法，同时也说明了不同药物在具体应用时要适宜于不同的剂型，才能更有效地发挥其治疗效果。
《神农本草经》对药物治病取效的客观评价
《神农本草经·序录》认为凡“欲治病，先察其源，先候病机，五脏未虚，六府未竭，血脉未乱，精神未散，服药必治。若病已成，可得半愈。病势已过，命将难全。”此处首先告诫人们，有病必须早治；其次强调了疾病的痊愈与否，不能完全依赖药物的作用，主要是机体的防御机能和在药物干预下机体驱邪愈病的内在能力。
《神农本草经》强调辨证施药
《神农本草经·序录》提出“疗寒以热药，疗热以寒药，饮食不消，以吐下药，鬼疰蛊毒以毒药，痈肿疮疡以疮药，风湿以风湿药，各随其所宜。”此语不但突出了辨证施治用药的主旨，还提示在辨证施治用药的前提下，务必要辨别疾病的性质(寒、热)用药，辨别病因而审因论治(如“饮食不消”、“风湿”)，辨别病情轻重并根据病情轻重而施以用药(如“鬼疰蛊毒”均为重危病证)，还要辨别躯体病(如“痈肿疮疡”、“风湿症”)与内脏病(如“鬼疰蛊毒”)的差异而用药。前者用“疮药”、“风湿药”，后者用“毒药”。若通览365味药物之主治和功效，还可以发现，书中根据内科疾病、妇科疾病、外科疾病、五官科疾病、皮肤病等等不同病种而施以不同药物予以治疗，这些内容都体现其重视辨证施治的用药思想。
《神农本草经》重视服药时间与疗效的关系
《神农本草经·序录》认为：“病在胸膈以上者，先食后服药；病在腹以下者，先服药而后食；病在四肢血脉者，宜空腹而在旦；病在骨髓者，宜饱满而在夜。”这说明本书作者在认真总结前人用药经验的基础上，认识到服药时间与药物疗效之间的密切关系。
《神农本草经》践行“药有阴阳”理论的价值
《内经》是“药有阴阳”理论的创立者，《神农本草经》对这一理论予以践行。所谓“药有阴阳”，其含义甚广。若仅从植物药与矿物药分阴阳，矿物药质地沉重而主降，属性为阴，植物药质地轻清而属阳。若就植物药而言，凡药用其花、其叶、其枝者多属阳，若用其根、其干者多为阴。如若对药物深层的内涵分阴阳，则“阳为气，阴为味……阴味出下窍，阳气出上窍。味厚者为阴，薄为阴之阳。气厚者为阳，薄为阳之阴。味厚则泄，薄则通。气薄则发泄，厚则发热。”又说，“气味辛苦发散为阳，酸苦涌泄为阴”(《素问·阴阳应象大论》)。四气，又称“四性”，药物之寒、热、温、凉是也，四气之中又有阴阳属性之分，具有温、热之性者为阳，具有寒、凉之性者属阴等等，皆属于经文所言“药有阴阳”之意及其意义。
《神农本草经》“药有酸、咸、甘、苦、辛五味”的意义
《神农本草经·序例》所谓“药有酸、咸、甘、苦、辛五味”，其本义是指人们可以品尝到的药物真实滋味。药物真实滋味不止五种，由于受事物五行属性归类理论的影响，于是自古至今，将药物之滋味统统纳之于五味之中，并将涩味附之于酸，淡味附之于甘，以合药物五味的五行属性归类。
《神农本草经》药物“有寒热温凉四气”的价值述评
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